U-16 đã đảm nhiệm vai trò tàu huấn luyện tại các trường tàu ngầm Đức. Được huy động do tình trạng thiếu hụt tàu ngầm sau khi xung đột bùng nổ, nó thực hiện được ba chuyến tuần tra trong chiến tranh. Từ ngày 2 tháng 9 đến ngày 25 tháng 10, U-16 tham gia rải thủy lôi tại vùng biển mở và trong eo biển Manche nhằm đe dọa tàu bè Đồng Minh. Vào ngày 28 tháng 9, 1939, U-16 đã đánh chìm tàu buôn Thụy Điển Nyland (3.378 tấn). Sau đó tàu chiến phụ trợ Sainte Claire (57 tấn) bị đánh chìm bởi một trong những quả mìn do U-16 rải vào ngày 21 tháng 11, 1939.[3][2]

Vào ngày 25 tháng 10, 1939, U-16 băng qua eo biển Dover khi nó bị các tàu sà lúp HMS Puffin và tàu đánh cá HMS Cayton Wyke tấn công. Trong khi tìm các né tránh các quả mìn sâu thả xuống, U-16 mắc cạn tại dãi đá ngầm Goodwin Sands, khiến toàn bộ 28 thành viên thủy thủ đoàn trên tàu đều thiệt mạng. [1][2]

Tóm tắt chiến công

U-16 đã đánh chìm một tàu buôn đối phương tải trọng 3.378 gross register tons (GRT) cùng một tàu chiến phụ trợ tải trọng 57 tấn: